La Crypta Romana è una galleria scavata interamente nel tufo che attraversa la collina dell’acropoli e collega il foro della città antica con il mare. Fu realizzata ad opera di Agrippa, generale di Ottaviano Augusto durante la guerra civile, a scopo difensivo. Infatti la galleria garantiva spostamenti sicuri e rapidi dal porto al cuore della città. Essa fa parte di un sistema di gallerie che attraversano tutti i Campi Flegrei e conducono da Cuma fino a Napoli.
La galleria non segue un percorso rettilineo, in quanto intercetta alcune strutture preesistenti, una parte della cosiddetta Cava Greca e le grandi cisterne situate al centro del percorso sotterraneo, che fungevano da riserva d’acqua al servizio della galleria stessa. Con la pax augustea la Crypta cessa la sua funzione militare per diventare semplice collegamento tra l’area portuale e il cuore della città, e più tardi in età domizianea viene arricchita con un ingresso monumentale in opera reticolata con nicchie, dove dovevano trovare posto delle statue oggi perdute. In età tardo-antica la galleria diventa in alcuni tratti luogo di sepoltura e nella parte centrale, quella corrispondente alle cisterne, diventa luogo di culto con l’edificazione di una piccola basilica rupestre, della quale restano poche tracce a causa del crollo di una parte della volta: resti di una scaletta ricavata sulla parete meridionale, i simboli cristiani della corona e della spiga graffiti sulla sommità della volta e una croce apicata sulla parete nord.