C’è un velo di mistero che avvolge l’origine del nome del sito: qui trovò la morte quello che alcune fonti sostengono si trattasse di un avventuriero che viaggiò con Ulisse mentre da altre indicato come trombettiere di Enea e il cui sepolcro sarebbe quel promontorio che somiglia a un tumulo.

Miseno conobbe fasi di massimo splendore architettonico e di grande importanza militare: di fatti fu la risorsa strategica attraverso cui Cuma esercitò il controllo sul golfo di Napoli, recitando un ruolo principe nella vittoria contro gli Etruschi.
Dal termine del II e per tutto il I secolo d.c. Miseno venne eletta come luogo di residenza da parte delle elite politica romana e le sue coste videro sorgere in gran numero le loro sfarzose ed eleganti dimore.

Grazie alla sua particolare conformazione Miseno venne scelto nel I secolo d.c. come base della flotta militare del basso Tirreno: difatti il nuovo porto aveva la caratteristica di essere composto da due bacini, uno usato come porto vero e proprio e l’altro come cantiere navale. Questo portò Miseno a diventare sempre più autonomo rispetto a Cuma fino a ottenere il territorio che va da Capo Miseno a Monte di Procida.

L’importanza militare di Miseno tocca il suo apice nel II secolo d.c. quando la flotta viene sottoposta al comando diretto dell’Imperatore. Questo è il momento di massimo splendore per Miseno dopo di cui inizierà la decadenza del sito.
Alla fine del IV secolo d.c. Miseno perde di importanza riducendosi a un piccolo borgo in quanto la flotta era stata trasferita a Ravenna.
La fine del sito venne sancita dall’invasione dei Saraceni che nel 846 d.c. assalirono e distrussero il sito e la sua fortificazione militare.